Решил скопировать (и правильно сделал, потому-что источник уже недоступен) на память инструкцию по обновлению.

Большинство хостеров предлагают для VPS несколько устаревшие шаблоны Gentoo Linux, в основном, из-за специфики самого дистрибутива. Такое положение вещей чревато серьезными проблемами при обновлении системы до актуального состояния. Если шаблону gentoo на момент заказа vps "исполнилось" несколько месяцев, у вас наверняка возникнут проблемы после обновления дерева портежей командой:

$ emerge --sync

Проблемы могут возникнуть из-за невозможности удовлетворить зависимости между уже установленными пакетами и свежим деревом портежей. Поэтому я предлагаю поэтапное обновление системы путем последовательной установки дерева портежей на определенную дату, следующую за релизом дистрибутива. Например, это могут быть портежи с месячным интервалом. Этот способ не лишен недостатков. Бывает такая ситуация, когда во всемирной сети уже больше нет файла, требуемого для сборки того или иного пакета. В этом случае приходится опять варьировать деревом портежей.

Предварительно перед обновлением системы нужно выбрать профиль для сервера и настроить make.conf.

Сначала обновляем пакеты, входящие в toolchain, в первую очередь компилятор gcc:

$ emerge gcc

После сборки компилятора переходим на него:

$ gcc-config -l
$ gcc-config 2

Команды для пересборки сетов @system и @world:

$ emerge --update --newuse --deep --with-bdeps=y @system -vp
$ emerge --update --newuse --deep --with-bdeps=y @world -vp

Сокращенно:

$ emerge -uDN system -vp
$ emerge -uDN world -vp

Выполняем очистку системы командой:

$ emerge --depclean -vp  #смотрим выдачу, думаем и только тогда чистим

В Portage существует возможность удаления остаточных зависимостей. Со временем меняется доступность программного обеспечения и зависимости, полученные путем модификации USE-флагов.

Выполняем очистку системы, чтобы удалить остаточные зависимости:

$ emerge --depclean -vp  #смотрим выдачу, думаем и только тогда чистим

Далее выполняем команду revdep-rebuild из пакета gentoolkit, котрый должен быть предварительно установлен:

$ revdep-rebuild

Если некоторые покеты будут собираться с ошибкой, возможно, потребуется команда:

$ eselect python set python2.7
$ python-updater