Устанавливаем ITK версию

# yum install httpd-itk

В файл /etc/sysconfig/httpd добавляем строку

HTTPD=/usr/sbin/httpd.itk

В файл /etc/httpd/conf.d/php.conf добавляем

<IfModule itk.c>
  LoadModule php5_module modules/libphp5.so
</IfModule>

В файле /etc/httpd/conf/httpd.conf для всех VirtualHost меняем SuexecUserGroup на AssignUserID.

Для этого выполняем команду

perl -p -i -e 's/SuexecUserGroup/AssignUserID/g' /etc/httpd/conf/httpd.conf

Также в httpd.conf добавляем настройки для itk.c (пример берем из <IfModule prefork.c>).

<IfModule itk.c>
StartServers         5
MinSpareServers      5
MaxSpareServers      10
ServerLimit          64
MaxClients           64
MaxRequestsPerChild  1000
</IfModule>

Перезапускаем Apache

# /etc/init.d/httpd restart

Проверяем, что запущен httpd.itk

ps aux | grep http

1037 ?        Ss     0:00 /usr/sbin/httpd.itk
1088 ?        S      0:00 /usr/sbin/httpd.itk
1045 ?        S      0:00 /usr/sbin/httpd.itk

В файл файл конфигурации ISPmanager /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.conf добавляем:

Option ApacheMPM
ApacheProcName httpd.itk

Перезапускаем панель

# killall ispmgr

Дополнительно можем проверить от какого пользователя выполняются PHP скрипты.

Создаём файл uid-check.php

<?php echo exec('id'); ?>

Открываем в браузере uid-check.php и смотрим группу/пользователя

uid=500(dx) gid=500(dx) groups=500(dx),1000(mgrsecure)

До установки ITK было

uid=33(www-data) gid=33(www-data) groups=33(www-data)

Устанавливаем mpm-itk

# apt-get install apache2-mpm-itk

При этом Prefork версия будет удалена

The following packages will be REMOVED:
  apache2-mpm-prefork
The following NEW packages will be installed:
  apache2-mpm-itk

Меняем SuexecUserGroup на AssignUserID в файле /etc/apache2/apache2.conf для всех виртуальных хостов

# perl -p -i -e 's/SuexecUserGroup/AssignUserID/g' /etc/apache2/apache2.conf

Т.к. теперь у нас используется ITK версия, то добавляем в конфигурационный файл ISPmanager /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.conf строку

Option ApacheMPM

Из документации ISPmanager (Файл конфигурации ISPmanager)

ApacheMPM - веб-сервер работает в режиме MPM и для работы с файлом конфигурации httpd.conf нужно использовать параметр AssignUserID вместо SuexecUserGroup.

Перезапускаем Apache

# /etc/init.d/apache2 restart