Для установленного пакета

# rpm -ql httpd
/etc/httpd
/etc/httpd/conf
/etc/httpd/conf.d
/etc/httpd/conf.d/README

Для загруженного пакета

# rpm -qlp nginx-1.14.0-1.el7_4.ngx.x86_64.rpm

При запуске yum можно использовать опцию exclude

yum --exclude=php* update
yum --exclude=kernel*,php* update
yum --exclude=kernel*,php*, tzdata update

Можно добавить исключение в файл /etc/yum.conf

exclude=kernel*,php*

Выглядеть это будет так:

[main]
cachedir=/var/cache/yum
keepcache=0
debuglevel=2
logfile=/var/log/yum.log
distroverpkg=redhat-release
tolerant=1
exactarch=1
obsoletes=1
gpgcheck=1
plugins=1
exclude=php* kernel*

Можно добавить исключение в отдельно взятый репозиторий. Например сделаем запрет на обновление ядра из EPEL /etc/yum.repos.d/epel.repo

[epel]
name=Extra Packages for Enterprise Linux 7 - $basearch
#baseurl=http://download.fedoraproject.org/pub/epel/7/$basearch
mirrorlist=http://download.ispsystem.com/repo/centos/epel/mirrorlist.txt
failovermethod=priority
enabled=1
gpgcheck=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-EPEL-7
exclude=php* kernel*