Источник - http://www.pentarh.com/wp/2011/03/19/cron-double-task-avoid/

Администрируя высоконагруженный проект, то и дело натыкаюсь на проблему повторного запуска cron задач в то время как предыдущая задача еще не отработала.

Таким образом получается, что одни и те же cron скрипты выполняют одни и те же задачи одновременно, удваивая тем самым нагрузку. При этом они начинают выполняться медленнее, и возможна лавинообразная ситуация, когда к этим двум добавится еще и третья такая же задача. Потом четвертая, а потом все упадет вообще.

Как с этим бороться?

Использовать в скрипте, который запускается по cron, проверку pid:

1. Проверяем наличие pid файла с идентификатором процесса
2. Проверяем, есть ли такой pid в памяти командой «ps -p PID»
3. Если pid запущен, прерываем работу
4. Иначе, пишем в pid файл свой pid и продолжаем

Однако это требует модификации скрипта.

Есть замечательная утилитка в Linux, называется flock (1). В качестве параметра, утилита принимает имя файла лока и команду для исполнения. flock ставит эксклюзивный лок на указанный файл и, при успехе, запускает указанную команду. Функционал flock не ограничивается только этой возможностью – на эту тему можно покурить соответствующий man.

Итак, у нас есть cron задача:

* * * * *   user  /usr/bin/php /some/heavy/script.php

С помощью небольшой модификации этой строки мы сможем предотвратить повторный запуск задачи во время выполнения предыдущей задачи:

* * * * *   user  /usr/bin/flock -xn /var/lock/script.lock -c '/usr/bin/php /some/heavy/script.php'

Ну собсно все.