Обновите портежи с оверлеем и выполните обновление пакетов:

eix-sync
emerge -uDNa world

Проверьте профиль Python и по необходимости переключите.

# eselect python list
Available Python interpreters:
  [1]   python2.6 *
  [2]   python2.7
  [3]   python3.1

Переключите профиль на 2.7, если потребуется.

# eselect python set python2.7
# eselect python list
Available Python interpreters:
  [1]   python2.6
  [2]   python2.7 *
  [3]   python3.1

Переустановите пакеты, зависящие от версии Python.

python-updater

Удалите Python 2.6.

emerge -ac

В случае, если вы увидите ошибку подобную этой:

 * In order to avoid breakage of link level dependencies, one or more
 * packages will not be removed. This can be solved by rebuilding the
 * packages that pulled them in.
 * 
 *   dev-lang/python-2.6.6-r2 pulled in by:
 *     app-emulation/virtualbox-bin-4.0.4 needs libpython2.6.so.1.0

Вы можете выполнить одно из двух действий:

emerge -C =dev-lang/python-2.6.6-r2; revdep-rebuild
emerge -C virtualbox-bin; emerge -ac; emerge virtualbox-bin

• http://en.gentoo-wiki.com/wiki/Python_maintenance
• http://www.calculate-linux.org/blogs/show/227
• Gentoo проблемы и решения#Обновление с 2.4/2.5 до 2.6/3.1